This page is constructed by Jeng-sheng Yeh, jsyeh [at] cmlab.csie.ntu.edu.tw

My Local Cached Data

將放收集到的資料成 local cache, 以後要抓或是要給別人抓比較方便。
SARS coronavirus protein 資料:(5,23,2003)

SARS RNA-directed RNA polymerase [SARS coronavirus Taiwan JC-2003], 19-MAY-2003
E1 glycoprotein(Matrix glycoprotein)(Memberbrane glycoprotein)
E2 glycoprotein precursor(Spike glycoprotein)(Peplomer protein)
membrane glycoprotein M(Tor2), 16-MAY-2003
small envelope E protein(Tor2), 16-MAY-2003
spike glycoprotein(Tor2), 16-MAY-2003
putative protein(sars8b), 22-MAY-2003
putative coronavirus nsp9, 22-MAY-2003
putative coronavirus nsp2(3CL-PRO); 3C-like proteinase, 22-MAY-2003

SARS coronavirus (18個資料+2): (可參考 小葉的 FASTA HowTo)(5,15,2003)

SARS coronavirus BJ01 BJ02, BJ03, BJ04, GZ01, ZJ01(19-MAY-03 NEW)
SARS coronavirus CUHK-Su10, CUHK-W1, HKU-39849, Hong Kong/03/2003
SARS coronavirus Taiwan, Taiwan JC-2003(19-MAY-03 NEW), TW1
SARS coronavirus Tor2
SARS coronavirus Urbani
SARS coronavirus Vietnam
SARS coronavirus SIN2500, SIN2677, SIN2679, SIN2748, SIN2774

My Bookmark

http://ntuh.mc.ntu.edu.tw/med/sars/ 台大醫院 sars 網站
國高中心 SARS 基因序列下載 科學研究資料
SARS Information (台大醫學系大四生整理的資料) mirror
台灣 CDC 疾病管制局
美國 CDC
WHO SARS
http://www.bcgsc.ca/
Gale Rhodes' Webpage for Biochemistry
(已移到下面)莊榮輝網頁系統(生化知識)
莊榮輝網頁系統(生化知識)
course of kmchao
NCBI Result Coronavirus Resource Coronavirus Resource
The Dali Server for aligned structures in PDB and FSSP

Wednesday, 2,25,2004

在要提 proposal 前一天的今天, 以 "SARS jsyeh" 去找, 然後看到 darby's web page, 有一句話如下:
jsyeh's SARS notebook
別間實驗室學長的網頁, 算是 SARS 研究日記吧, 最近似乎更新很少, 是 SARS 變遜了, 應該不是學長變懶了.
哇, 真的, 已經快半年沒有做更新了, 因為我的研究日記開始移了一個地方寫, 又因為研究日記裡面的內容覺得創意甚多, 為了保護我自己, 所以就放在一個隱藏 的網頁裡面, 而且每次只要被發現就又會移掉另起新的地方。 因為有想要發表的原因。 應該可以慢慢地把一些東西放出來了~ 以後再把這半年的 每天日記插進來。

http://www.webhospital.org.tw/medicine/index.html
這個網址是 kingnet 做的 KingNet國家網路藥典, 可以用。

Saturday, 12,27,2003(補)

因為狂牛症的關係, 所以開始找相關的東西。 我的剪報資料: prion, BSE, CJD and Mad Cow

Monday, 8,18,2003

剛剛不小心做了錯事, 在 copy 檔案時把現在這個網頁蓋掉了, 損失很大~ :~~~ 還好從 google cache file 救一些東西回來, 可是真的很痛 :~~~~ 還是 lost 掉一些東西, 算了, 要看開一點。

最近我在將蛋白質表面的性質做計算, 希望可以得到一些有用的東西

Wednesday, 7,16,2003

PTT SARS 版即將被關閉, 所以我少了一個資料來源 ^^;;
 作者  changeup (星空下仰望著天使)                          看板  SARS
 標題  [公告] 本板功能性暫告一段落
 時間  Wed Jul 16 17:44:39 2003
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  大家好,好久不見了。

  最近放了暑假,又正值臺灣自WHO的疫區名單中除名,相信大家對SARS的感覺已
經再一次漸趨陌生。然而,SARS在臺灣消聲匿跡,也是不爭的事實。這樣的結果不僅
是臺灣防疫系統的成功,也是因為大家對SARS的逐漸了解,而能夠主動預防。在這一
點上,本板能提供一些微薄的幫助,實在感到無限的榮幸。

  既然SARS疫情已經暫時結束,本板原先功能性的存在意義已經消失。所以,似乎
也該是向大家說聲暫別的時候了。板主也希望,永遠不會有再用到本板的一天。

....

Tuesday, 7,15,2003

台大 Center of Biotech
CBT BCT 課程

Sunday, 7,13,2003

Thursday, 7,10,2003

今天跑去聽 陳倩瑜學姐的博士畢業所外口試, 題目主要是做 Hierarchical Agglomerative Clustering, 可以應用到蛋白質資料 庫的分類分群的應用上。

http://genome.sinica.edu.tw/chinese/links.htm 中研院植物基因組中心所列的 一些相關網站連結 由這由的主要收穫是, 再一次地認識一些相關的資料庫網站
另有兩份中文文件, 是 life.nthu.edu.tw 所寫的介紹, 有用:

Wednesday, 7,9,2003

virology, J GEN VIROLOGY ,ARCHE VIROLOGY 上面三本, 是 KAMINA 推薦的他們常見的期刊, 要去翻一翻 ^^;;

Saturday, 7,6,2003

台灣從 SARS 疫區除名

真是個等待很久的消息~ 真是期待已久又有些無奈 :~

Sunday, 6,29,2003

經過一個星期的浪費時間, 又將要開始做 SARS 相關研究了~

 作者  superyeh (無奈肉腳悲情小葉)                          看板  SARS
 標題  [新聞]輝瑞抗SARS藥物研究傳佳音
 時間  Sun Jun 29 20:45:48 2003
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http://news.chinatimes.com/Chinatimes/newslist/newslist-content/0,3546,12050904+
122003062800394,00.html

2003.06.28 工商時報
輝瑞抗SARS藥物研究傳佳音
林秀津/綜合外電報導


    全球第一大製藥公司輝瑞週四宣布,該公司在對抗嚴重急性呼吸
道症候群(SARS)和瘧疾等傳染病用藥研究已有斬獲。輝瑞表示,該公
司的實驗室已經發現十種化合物在初步實驗中出現「顯著」抗SARS病毒
反應,未來可能將挑出最有效的幾項進行臨床實驗。

    美國輝瑞藥廠週四表示,該公司在SARS、瘧疾和天花等致命傳染病
的治療藥物研發已有所進展。輝瑞指出,該公司已針對三百七十種以上
化合物對抗SARS病毒的效用進行測試,其中十種化合物在實驗室測試中
出現「顯著」的抗SARS反應。

    該公司將從中選擇最合適的化合物持續進行研究,並且可能進行人
體試驗。輝瑞加州研究中心科學家馬修斯(Dave Matthews)表示,如果
SARS於秋冬再度來襲,他們的研究也許能讓各界更有能力迅速因應。

    除了SARS外,輝瑞週四也宣布該公司瘧疾藥物的研究進展。輝瑞表
示,該公司在印度進行的第一階段臨床實驗顯示,希舒美(Zithromax)
抗生素和傳統抗瘧疾用藥氯奎寧劑(Chloroquine)共同應用於治療瘧疾
的療效,是單獨使用其中任何一項的三倍。

Wednesday-Saturday, 6,25-28,2003

在賣 T-shirt 浪費生命與時間。 ^^;; 投入兩個星期, 很好玩而白痴的行為 ^^;;
一件賣 160 元, 五百二十二件只剩下三十件果綠色的 ^^;;
台大乖寶寶TSHIRT黃色水滴版300件 背面 未公開的白色乖寶寶100件 背面 偷偷加做的的果綠色乖寶寶122件 背面

Tuesday, 6,24,2003

 作者  KAMINA (布丁少年應援少女K)                           看板  SARS
 標題  [新聞]基因序列 找出三種治藥
 時間  Tue Jun 24 04:56:33 2003
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基因序列 找出三種治藥

記者邵冰如/台北報導


衛生署兩個月前和農委會悄悄展開合作,進行動物和人類冠狀病毒的基因序列比對,
最近台灣動物科技研究所更從市面上八百多種冠狀病毒抑制劑中,找出三種初步對人
類SARS病毒有抑制效果的藥物。

這三種藥物已轉送衛生署國家衛生研究院進行最後的人體試驗,如果證實可以有效抑
制人類SARS病毒,研究結果將提報到世界衛生組織,可能讓台灣成為國際間最快找到
SARS病毒抑制劑的國家。

更重要的是,由於SARS這種全新的人類疾病,至今仍沒有完全有效的治療性藥物,醫
界只能運用支持性療法。動科所副所長楊平政指出,國衛院委託動科所運用豬隻冠狀
病毒的1800多種病毒抑制劑進行試驗,然後再找出八百多種和呼吸道冠狀病毒有關抑
制劑,再篩選出20種效果最好者,最後終於找出三種可以用在SARS的患者身上,對抑
制SARS病毒有初步效果。 

【2003/06/23 聯合晚報】

http://udn.com/NEWS/NATIONAL/NATS4/1401954.shtml

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準P4實驗室研發疫苗

記者邵冰如/台北報導


SARS 風暴席捲全球,各國醫學界紛紛研發疫苗,台灣也在中研院院長李遠哲的領導下
,一個多月前率領學者成立疫苗研發小組,目前選定農委會家畜衛生研究所的準P4實
驗室,即將展開動物實驗。

農委會主委李金龍指出,家衛所的實驗室四年前開始籌建,當時是為進行豬、牛、羊
等口蹄疫檢體和基因序列比對而設,兩個月前完工後,由於台灣SARS疫情爆發,李遠
哲和農委會家衛所、台灣動物科技研究所的學者會商後,認為家衛所的P3級實驗室,
可以再提升為「準P4」,負壓隔離效果更好。

李金龍說,李遠哲領導的疫苗研發團隊,部分專家近期內即將進駐家衛所的準P4實驗 
室進行疫苗研發;初期會先選定最接近人類的靈長類動物─猴子,進行動物實驗,希
望盡快培育出人類SARS冠狀病毒的疫苗。

李金龍也強調,基於尊重動物生命,有關猴子的實驗也一定會配合動保保護法有關實
驗動物的規定。

【2003/06/23 聯合晚報】

http://udn.com/NEWS/NATIONAL/NATS4/1401967.shtml

Thursday-Monday, 6,19-23,2003

開始賣第一波台大好寶寶 T-shirt, 花了不少時間。研究做一做跑去賣衣服, 真是對不起指導教授和家人 ^^;;

Wednesday, 6,18,2003

最近有在忙一件很 SARS 相關的很好笑的東西:
台大乖寶寶 T-shirt

Tuesday, 6.17,2003

今天看到一份 javascript, 是將原素週期表(Periodic Table of the Elements) 表現出來。因為我這幾天剛好非常需要這份資料, 所以 cache 起來, 中文的翻譯的網址在 師大物理系 黃福坤, 原作者是 purdue 的 helvey

其實我比較需要的是 N (Nitrogen, 14), C (Carbon, 12), O (Oxygen, 16), S (Sulfur, 32) 的原子在分子中的大小 ^^;;

Monday, 6,16,2003

本來上個星期五放話說只要一個晚上就可以將 pdb file 與 3D model retrieval 合併在一起, 不過這幾天在忙著賣 T-shirt 太累了, 所以今天才開始弄! 應該算差不多弄好了:
http://3d.dhs.org/pdb2/

台大生物技術學程=ntu biotech course(實驗部分)

Sunday, 6,15,2003

 作者  KAMINA (惡意的悲劇)                                  看板  SARS
 標題  [新聞]港大專家指新療法醫治SARS病人成效顯著
 時間  Sun Jun 15 00:41:51 2003
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港大專家指新療法醫治SARS病人成效顯著

  (中央社記者盧健輝香港十四日電)香港大學微生物學系系主任袁國勇今天表示
,同時使用利巴韋林和蛋白(酉每)抑制劑治療嚴重急性呼吸道症候群(SARS)病人
,比並非使用這種療法的病人,生存機會大一倍。

  全球首先發現 SARS 為冠狀病毒的袁國勇在出席「SARS 工作坊」後向媒體表示,
曾經在一百三十多名SARS 病人身上,試用利巴韋林和一種蛋白(酉每)抑制劑,發現
他們比並非使用這種療法的病人,生存機會大一倍,進入加護病房的機會也減少。

  袁國勇認為,這種新療法有成效,但仍要做對照調查,進一步研究。

  另外,世界衛生組織傳染病監控辦公室代表在同一場合說,傳統中藥有本身好處,
部份草藥的根部有助抑制 SARS 病毒,但由於很多中藥並非由單一成份組成,所以難以
確定那類藥物能有效治療SARS,但相信中藥可以作為輔助治療。

  這次 SARS 工作坊是香港當局和世衛組織共同舉行,會議不對外公開。與會包括一
百二十位來自美國、英國、加拿大、越南、新加坡、馬來西亞、法國、北京、廣東和香
港的臨床醫生及醫療專家。

  世衛組織並未安排台灣的專家來港參加工作坊。920614

http://tw.news.yahoo.com/2003/06/14/health/cna/4048839.html

Saturday, 6,14,2003

這幾天台灣因為 WHO 的疫區/旅遊警示區 等級而紛紛擾擾

Friday, 6,15,2003

今天收到學長的信, princeton 將 Protein Databank 的 16000 models 拿進 3D query system 中, 可以用 keywork (pdb id) 查詢及更進一步地 以 3D harmonic 做 simlarity search.

Thursday, 6,12,2003

挖到上個月關於病毒的一些資料:(可以當作之後研究的標的物
 作者  MapInfo (三分之二的約定)                             看板  SARS
 作者: KAMINA (月燈ベソ下ザ真晝ソ倒錯) 看板: SARS
 標題  史上致命疾病死亡率統計........*_*
 時間  Fri May  9 14:01:08 2003

DISEASE FATALITY RATES (疾病死亡率)

Rates are expressed in percentages(以下的數字以%示意)

資料來源 CNN.com
列舉出14種疾病其中Ebola是第一名好恐怖喔
目前SARS先生位居第8名,不過與第七名15.4%還有拼
役情尚未穩定,說不一定以後真的未達到20%也不一定
第4.5.6名的死亡率都是20%說
這樣的話  我們真的面臨到的真是一個恐怖的病毒
上個月 我們公司有拜拜  希望SARS大神不要來地球  希望有拜有保佑啊~~

Ebola 36 to 88
    伊波拉病毒
Smallpox 30
    天花
Gastrointestinal anthrax 25 to 60
    消化道炭疽病
Cutaneous anthrax 20
    皮膚炭疽病
Dengue hemorrhagic fever 20
    出血性登革熱
Yellow fever 20
    黃熱病
Bubonic plague 15.4
    腺鼠疫(瘟疫)(鼠疫)
SARS 15
Meningoccal disease*  12
    流行性腦脊髓膜炎(腦膜炎疾球菌病)
West Nile virus 12
    西尼羅病毒
Tetanus 11
    破傷風
Diptheria 10
    白喉
Typhoid fever 10
    傷寒
Rocky Mountain Spotted Fever 5.2
    落磯山斑疹熱SOURCES:
CDC,
WHO,
state and national public health departments,
university research centers
* Figure is for U.S. cases only

Wednesday, 6,11,2003

剛剛把昨天印的 MMC Lai (1996) 在 seminars in VIROLOGY 的論文看了一篇, 果然是清晰簡單, 很好懂 :) 同時讓我對於 coronavirus 的 genome structures 有 比較清楚的了解 :)
"Recombination in large RNA viruses: Coronaviruses"

同時 meeting 時把我想做的方法再說一次, 方向定下來後便可靜下心來努力了。
標  題: 滾石無苔~
發信站: 某個小站 (Tue Jun 10 02:09:58 2003)

請記得滾石無長苔, 請不要遇到挫折就放棄, 你已經放棄太多次了~
努力, 持續地去做, 方向對, 一定會有成果的。
老師也有建議說, 藥物會有變形的問題。我可能先用將 database 變大 n 倍的方法來解

Tuesday, 6,10,2003

以下是在 ptt SARS 版一些人的推文內容, 其中有一些關鍵字, 對於想要 入門的人來說, 有些幫助, 所以轉錄如下:
 作者  changeup (狂想總歸曲終人散)                          看板  SARS
 時間  Tue Jun 10 11:30:41 2003
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那個KAMINA啊,我看下次我們還是討論NEJM好了,這樣比較不會有人說話..
→ honu:新英格蘭已經沒什麼SARS的文章了啦....           推   210.58.156.3 06/10
→ changeup:說的是,大家都退燒了..關板啦關板啦         推 140.112.212.21 06/10
→ honu:好耶,關板啦關板啦,SARS病毒死光光啦           推   210.58.156.3 06/10
→ Babycat:聽說Lancet上面很多,不過我很少看就是        推   210.68.18.85 06/10
→ honu:不然我來貼不知道有沒有叫我注意.....:p          推   210.58.156.3 06/10
→ changeup:Lancet上好多都是..怪怪的文章..             推 140.112.212.21 06/10
→ honu:那個就是Lancet的風格吧,還從天而降咧           推   210.58.156.3 06/10
中略
→ Babycat:NEJM最近都在講HIVSARS已經退流行了         推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:撈水母的樂趣?還是玩GFP緬懷水母姐姐好了       推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:那Lancet的怪文章呢?                          推 140.112.221.19 06/10
→ Babycat:我不擅長撈魚,更別說是滑溜溜的水母了        推   210.68.18.85 06/10
→ Babycat:我很少看就是了,有看的都是一些處理經驗?    推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:不是有流刺網嗎?                              推 140.112.221.19 06/10
→ Babycat:現在不是都禁了,破壞生態啊                  推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:那看賴先生1996的的PAPER好了...               推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:Recombination in large RNA viruses:          推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:Coronaviruses//Michael M. C. Lai//           推 140.112.221.19 06/10
→ Babycat:妳手頭上有嗎?                               推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:seminars in VIROLOGY,Vol 7,1996:pp 381-      推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:台大圖書館電子期刊(這本已停刊,但查的到)      推 140.112.221.19 06/10
→ Babycat:我這台電腦恐怕沒辦法看,搶到來看看好了      推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:沒有開PDF得程式!?                            推 140.112.221.19 06/10
→ Babycat:有啊,可是算是校外網路..,恐怕              推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:應該可以吧....||||                           推 140.112.221.19 06/10
→ honu:Acrobat reader到處都可以下載啊                 推   210.58.156.3 06/10
→ KAMINA:哎呀水母姐姐復活了...                        推 140.112.221.19 06/10
→ Babycat:這個我有,我是說非校內網路沒辦法看電子?    推   210.68.18.85 06/10
→ Babycat:期刊,所以我才會看 nejm多                   推   210.68.18.85 06/10
→ Babycat:現在是隱形的世界嗎?我什麼都看不到           推   210.68.18.85 06/10
→ honu:喔對厚,校外網路加上非台大學生                 推   210.58.156.3 06/10
→ honu:除非借你帳號                                   推   210.58.156.3 06/10
→ KAMINA:因為我的ID太刺眼啊,所以....Q_Q               推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:我們來要爆笑學術大樓嗎?(文章慢慢來^^||)      推 140.112.221.19 06/10
→ Babycat:我昨天發現我醫圖的帳號被停掉了,medline      推   210.68.18.85 06/10
→ Babycat:不能用,嗚嗚嗚                              推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:我寄的檔學長你開的了嗎?                      推 140.112.221.19 06/10
→ honu:好可憐喔,你去粘著c板大救你好了                推   210.58.156.3 06/10
→ Babycat:這篇果然是淺顯易懂的好文章啊                推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:我來開始好了,ABSTACT:可樂娜病毒是相當大      推 140.112.221.19 06/10
→ Babycat:穿醫師服假冒銀蛋進醫院查好了                推   210.68.18.85 06/10
→ Babycat:25%的機會會發生recombination                推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:的RNA病毒,其GENOME有極高(25%)的重組率        推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:是啊,因此是從BIOLOGY觀念下手解決問題         推 140.112.221.19 06/10
→ honu:兩位慢慢來啊,我可是要吃中餐的人啊             推   210.58.156.3 06/10
→ honu:我昨天又開始吐了,真是倒楣啊                   推   210.58.156.3 06/10
→ Babycat:妳還沒吃啊,腸胃炎魔人?                     推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:而不是被潮流或技術牽著走的PAPER嘛..*笑*      推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:我在邊吃早+午+晚餐,邊蓋大樓                  推 140.112.221.19 06/10
→ Babycat:不過我看NEJM,這一次好像不是簡單的重組      推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:其重組多發生於viral RNAs+DI RNA間..          推 140.112.221.19 06/10
→ honu:我本來就是腸胃炎魔人啊,我在吃早+午            推   210.58.156.3 06/10
→ Babycat:問題來了,何謂defective-interfering RNA     推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:就是缺失RNA=viral RNA中有缺失,無法完成       推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:其replication或gene expression,DI RNA        推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:須要藉由VIRAL RNA協助才能完成_____...        推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:DI RNA 和VIRAL VIRUS序列相似,所以此點        推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:是DI RNA和satellite RNA的區別                推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:也就是DI RNA是由VIRAL RNA而來,但SATELLI      推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:RNA不是,和VIRAL RNA無同緣序列                推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:OK.以上,看不懂就去問老師吧...                推 140.112.221.19 06/10
→ Babycat:受教了,他在實驗室做的好像是拿老鼠肝炎?    推   210.68.18.85 06/10
→ Babycat:病毒來跟可樂那重祖,                        推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:是啊,5171有說....老鼠的                      推 140.112.221.19 06/10
→ KAMINA:看這個最好配合5171的網頁上的圖...            推 140.112.221.19 06/10
→ Babycat:MHV原來也是重組的高手高手高高手啊           推   210.68.18.85 06/10
→ KAMINA:老實說,賴先生這篇PAPER很精要明晰             推 140.112.221.19 06/10
→ Babycat:是的,也沒有討人厭特別看不懂的字眼,        推   210.68.18.85 06/10

另外, 有幾篇相關的網頁, 感謝 honu 轉錄提供:
[科學人雜誌]SARS、病毒與人類(賴明詔口述/楊玉齡整理
[科學人雜誌]了解SARS(陳建仁口述/張孟媛整理)
[科學人雜誌]基礎醫學與SARS的診治(陳定信口述/蔡耀明整理)
[科學人雜誌]抗SARS,從心開始(曾志朗口述/許碧純整理)
[科學人封面故事]對抗病毒大作戰

Monday, 6,9,2003

今天毛毛碩士口試畢業, 恭喜~ :)
題目主要是用原子空間中位置的比對, 找出蛋白質中有意義的部分。

Sunday, 6,8,2003

今天跑到光華商場想找立體眼鏡, 沒想到前天說可能會有庫存的店家 今天說不知道有沒有 :~~~ 有立體眼鏡的話, 在使用 stereo display 來看病毒的結構會有意想不到的真實感, 呵呵, 因為我本科是做電腦圖學的 ^^;; 各種 input/output device 是我之前有興趣的部分, 且花了不少時間研究 ^^;;

Saturday, 6,7,2003

下面引兩則轉錄的新聞~ 對研究可能有幫助
 作者  KAMINA (清麗優美盪漾的你的馨香)                      看板  SARS
 標題  [新聞]SARS病患輕重症之謎 半年內解開
 時間  Sat Jun  7 21:26:05 2003
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SARS病患輕重症之謎 半年內解開

【記者楊惠君/報導】

控制 SARS,不必苦等疫苗出爐! 由台大、中研院團隊合組的「 SARS 專案研究計畫」
,找到可表現SARS 病毒的關鍵結構蛋白質進行研究,可望在半年內,解開SARS 病患
免疫病理謎題,即可篩檢重症病患、揪出「超級感染源」,及早隔離、重點照護,有
效降低 SARS 死亡率,減少SARS 威脅性。

同樣感染SARS,有人只是發燒幾天就痊癒,有人卻嚴重肺炎得插管、甚至短時間內就
猝死;感染同一種病毒,為何命運大不同「SARS專案研究計畫」免疫學組召集人、台
大小兒科醫師江伯倫指出,而影響病情輕、重差別的關鍵,包括感染病毒量的差別,
病毒量愈多、自然病情愈重;另一個則是個別體質的差異。

江伯倫表示,目前推測與體內巨噬細胞或樹突細胞特性有關,已知蛋白質 1、6
等細胞生長因子,最有可能是引發細胞釋放大量細胞激素的「幫凶」,造成發燒、腹
瀉、肺炎等一連串反應,又引起另一群免疫細胞攻擊,結果造成自身傷害,如留下難
以恢復的肺部纖維化。 

該研究團隊已找到表現SARS病毒的關鍵蛋白,積極製造去毒的重組蛋白,以利進行免
疫病理的研究,甚至開啟早期抗原檢測及疫苗、藥物的研發。江伯倫說,預計半年內
可完成目前各種SARS免疫學假說的印證;而重組蛋白若大量製造,也會提供給全國免
疫相關實驗室,以加速後續研究進展。

江伯倫說,SARS感染人口比率其實不高,即使疫苗研發,必須確定安全無虞,才能全
面施打,否則反而可能有增加被感染的危險;在有效有完全安全的疫苗研發之前,免
疫學研究將有助於抗原試劑,可在染病後2、3天就確診,及重症病患高危險群篩檢,
甚至可進一步研發擬人化的動物SARS病毒抗原的抗血清製造,量化及純化血清抗體,
有助於治療。只要早期診斷、有效治療,即可降低SARS死亡率,SARS也就不會那麼可
怕。

http://tw.news.yahoo.com/2003/06/06/health/udn/4032637.html

 作者  KAMINA (清麗優美盪漾的你的馨香)                      看板  SARS
 標題  [新聞]快速測煞試劑15分鐘揭曉台大醫學院技術轉移台欣科技待衛署審
 時間  Sat Jun  7 21:33:23 2003
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快速測煞試劑15分鐘揭曉台大醫學院技術轉移台欣科技待衛署審核通過可量產上市

(記者黃美真∮台北報導)台欣生物科技公司與台大醫學院進行技術轉移,共同開
發出SARS快速檢驗試劑,整個測試流程只需十五分鐘,比目前最快速的檢測方式(
二至三小時)還要縮短許多,且血液樣本是採全血檢測,不須血清分離,血量也只
需十五微毫升(ul),並用眼睛即可判讀檢測的訊息,未來待衛生署審核通過後即
可量產上市,將可應用在醫學中心或地區醫院進行大量SARS初步篩檢。

台欣生物科技公司說明,目前檢測SARS冠狀病毒的技術包括:

一、分子檢測方式,即利用RT-PCR(反轉錄聚合◆連鎖反應)或Real-time PCR(
即時聚合◆連鎖反應)的技術,在患者的血液、呼吸道分泌物或其他體液中檢測出特
異性的SARS冠狀病毒基因片段,優點是可早期檢測出患者的檢體中,是否有冠狀病毒
的RNA存在,但所需的時間約二至四小時,且其目前的靈敏度只有百分之四十左右。

二、病毒的分離檢測,利用細胞培養的方式分離檢測病毒,但很耗時且具危險性。

三、抗體的檢驗方式,包括酵素免疫固定分析法(ELISA)與免疫螢光分析法(IFA)
。ELISA是檢測患者血液中的抗體,而IFA需要將SARS冠狀病毒感染的細胞固定化在玻
片上,再塗上患者的血清和螢光試劑,這些試劑都需要二至三小時才能知道結果。

台欣生物科技公司表示,新研發的SARS快速檢驗試劑,基本上也屬於抗體檢驗方式的
一種,但比目前的ELISA及IFA檢測方式,新試劑具有更簡易的操作方式,只需感染後
二至三週病患的一滴指尖全血(約十五微毫升),在十五分鐘內便能檢測出是否感染
SARS,且敏感度初步高達百分之九十五以上,未來將繼續與台大醫學院共同合作,以
提高SARS檢測試劑的準確度與靈敏性,目前也已提供試劑樣本約一、二千片供台大與
疾病管制局使用。

對於新試劑的研發,疾病管制局則表示,目前WHO等國際組織所認定較穩定的SARS檢驗
試劑為PCR(聚合◆連鎖反應),新試劑的研發可輔助原有檢測試劑的不足,以增加研
判病例的準確度,但其效能仍待評估與觀察。

http://tw.news.yahoo.com/2003/06/05/polity/twdaily/4029784.html

Friday, 6,6,2003

幾天沒有什麼 SARS 的消息, 今天出了一則:
 標題  [中時]陽明爆疫情 2看護中煞
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■中國時報 920606  黃永熹台北報導

   台北市立陽明醫院傍晚傳出通報六人疑似感染SARS的病例,兩名看護工病人經CPR
檢驗,呈有冠狀病毒的陽性反應,另外四人有發燒症狀,院方已緊急隔離53人,而感染
源疑為來自關渡浩然療養院一位在陽明醫院病逝的老病人。院方已緊急做了院內管制,
衛生署和衛生局正研擬是否封樓措施。

   晚間疾病管制局長蘇益仁指出,經疫情調查,兩名看護工都是在5月下旬照顧622病
房的老婦人後發病,這名老婦人90歲,來自關渡浩然療養院,因身體不適日住進陽明醫
院治療,在5月25發燒,於31日不治,而兩名照顧她的看護工則是在6月初發燒,經檢驗
,今日驗出陽性反應,因此醫院立即做了管控措施。

   北市衛生局長張珩表示,陽明醫院對此次疫情反應詳盡迅速,立即對622病房所在
的6B展開淨空消毒的管控措施,對相關人員的隔離處理也很好。

Thursday, 6,5,2003

今天幫毛毛 rehearsal 碩士論文, 做得不錯, 可以畢業得很漂亮, 比如說, 將引起豬可傳染腸胃炎的冠狀病毒的 Mpro 中推論負 責 transcription 的重要胺基酸對拿去和推導出來的SARS 冠狀病毒結構做比對, 可以比到功能一樣的部分, 很好 :)

另外, 睡到一半時想到, 關於未知蛋白質的結構, 應該要去找台大的其他 系所或是實驗室查查看有沒有相關的技術 (ex. 醫學院、化學系相關、生科所相關)

另外, 兩位學弟妹(杜珮璇劉秉周)今天碩士論文 口試通過, 恭喜!

Wednesday, 6,4,2003

今天在電視上試著看 SARS Mainpro 的立體三維結構, 載上立體眼鏡, 這是我第一在電視裡看到浮出來的立體影像, 怠真真實。 前一陣子是在電腦的 CRTmonitor 上面 render 出來的, 不過電視的畫面更 大, 看起來感覺很強烈, 可惜電視解析度的先天限制, 不夠清晰。
昨天晚上也順手把 magictu/zick 所正在發長的程式加了 stereo display

Tuesday, 6,3,2003

恭賀兩位學長: 陳鼎勻學長和林奕成學長,拿到博士學位。 今天兩位實驗室組上的博士班學長, 正式所外口試, 拿到他們的博士學位。 來口試的口試委員有 楊熙年教授、李同益教授、廖鴻源教授等等, 還有指導 授授歐陽明教授。他們在中間口試休息的時候, 有來看一下這邊做蛋白質比對相 關的研究, 像是 毛毛把 SARS Mainpro 的 重要residules 拿去 做比對, 這邊以 stereo 來觀 並分析等等。

陳鼎勻博士今天聽到我指怨想要做的方法最近才發現 1998 年就有人提出時, 給我一些建議, 對於題目的拿捏與 方向上, 幫助不少

Monday, 6,2,2003

Google: canyon hypothesis.
mendel.bio.caltech.edu/www/bi170/ 1999/prob5_win_1999.html
The canyon hypothesis: hiding the host cell receptor attachment site on a viral surface from immune surveillance. In Influence of Molecular Biology on Drug Discovery
The molecular replacement method

因為指導教授 歐陽明老師 很好奇SARS的 3D 結構, 尤其是以 stereo display 的方式 show 出來, 所以 meeting 完後幾天, 我有熬夜在研究 stereo display (上次這樣查 stereo display 資料是去年二三四月的事情了, 因為要弄 VisionStation 的 stereo display)。
今天雖然因為電腦壞了使得進度又被拖累, 不過, stereo 相關的幾種顯示我 都準備好了, 昨天最後是把 SoftQuadro 裝在大前天因為研究需要而買的 ASUS AS8200 Deluxe (GeForce3 Ti500) 配 stereo glasses。
下面是我的心得:
Download SoftQuadro by Alexey 2001/6/18, also known as SoftQuadro 1.0
 http://www.3dcenter.de/downloads/softquadro.php
 http://www.3dcht4u.de/3dc/p24d5fe/softquadro.zip

SoftQuadro: RivaTunner 2.0 (better version now, recommanded by jsyeh)
http://www.nvworld.ru/docs/overclock.html
(The RivaTuner20RC124.exe 2003/4/28 937,787 bytes could be downloaded in:)
 http://www.nvworld.ru/downloads/rivatuner.zip (it's a zip of RivaTuner20RC124.exe)

Another download of Rivatuner:
below is another correct links. down the RivaTuner20RC124.zip (937,787 bytes)
 http://download.guru3d.com/rivatuner/
 http://download.guru3d.com/pafiledb.php?action=download&id=163
 http://files.guru3d.com/rivatuner/RivaTuner20RC124.zip


Attention!
The SoftQuadro (RivaTuner2.0) could work fine on nVidia and ATi chips.
Rivatuner2.0: the only installation file need to download.
(with the driver of nVidia (Detonator) be installed. )
mySolution is: (6,1,2003)
 Detonator 30.87:(2002/09/26 release) which has newer nVidia stereo driver available now. 
    (28.32 is older and released 2001/11/29 or 2002/03/09)
 RivaTuner2.0 RC124:(2003/04/28) which could work fine 
    on my ASUS V8200 GeForce3 Ti500 (2001/10/31)

Attention again!
The setting in RivaTuner2.0 is somehow tricky for stereo display.
Because my Detonator is 30.87, which is not listed in RivaTuner2.0 
Guideline for stereo support: 
 Run RivaTuner, Power user -> Look at the bottom icons: 
 OpenDatabase (because OpenMatchDetonatorDatabase didn't work):
 Choose Database/NVIDIA/W2K/Detonator 30.82.rtd, which is similar to 30.87
 OpenPatchScript: PatchScripts/NVIDIA/SoftQuadro4/SoftQuadro4w2k.rts
 MergePresent:Presents/NVIDIA/W2K/High quality.rtp
 Finally change the "NVIDIA Detonator 30.82 w2k OpenGL/Stereo3D setting" for all stereo entries
 Reboot, and see the perfectly QuadBuffer OpenGL stereo!

Causion about stereo:
 Sometimes the screen will not display after returning from stereo mode! be careful for it.
  
jsyeh@cmlab, 6,1,2003 

Sunday, 6,1,2003

google: Spherical Harmonic protein 查到, 這一支主要 是 Dave Ritchie's web pages(http://www.csd.abdn.ac.uk/~dritchie/graphics/) 在做的。簡單來說, 原來我想要做的東西的概念在 1997/2000 年有人做過了~
所以又到了選擇的時候了, 要不投靠它, 要不遠離它~ 也就是剛開始的題目要不要 再改?!^^;;

另外有一篇 Molecular Surfaces: A Review 文章, 是 1996 年寫的, 將 71 年到 96 年 當時的一些方法做整理。

Saturday, 5,31,2003

台灣的 SARS 問題看起來變不嚴重了~ 不過研究還是要繼續下去

同時今天又熬夜, 想法子把分子世界用 stereo display 出來, 不過遇到了一些問 題, ASUS 的 display driver 對 opengl 的 stereo display implement 沒做, 是用假的 stereo (去年初去北投 ASUS 問黃種熙、陳建華學長得到的訊習), 即 nVidia 所想推的 第四種 stereo display 法。 這樣的話, 一種做法是模仿這種想法, 寫個沒有 stereo ability 的程式, 再叫 stereo driver 自己去變出 stereo. 不過再考量看看好了

另外, 把 PDB 轉成 VRML 後, 好像給得比較簡單來顯示。 偷懶! ^O^

Friday, 5,30,2003

剛看到有份新聞, 原來光電生醫中心有有人想要從 3d 下手, 不過 還申請專利就有點好笑了。 ^^;;
作者  KAMINA (艷羨Phytophthora)                            看板  SARS
 標題  [新聞]抗煞疫苗 有望 台大3D研究法 獨步全球
 時間  Fri May 30 17:56:10 2003
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抗煞疫苗 有望 台大3D研究法 獨步全球

  楊欣怡/台北報導 台大抗SARS研究團隊透露,他們已經發明出一種超越WHO、
德國與知名學者何大一的研究方法來研究冠狀病毒,這項獨步全球的3D研究法,將
極有助於未來開發抗SARS疫苗、抗體及抑制藥物的研發。

  台大醫學院光電生醫中心林世明透露,他們現在已經引用團隊技術,取得五百
多個立體的冠狀病毒奈米結構影像,由於包括世界衛生組織、德國以及研究愛滋病
的知名學者何大一,對病毒的研究所使用的都仍是傳統方法,而這種創新的3D研究
法,將可望使台大團隊灣成為最早發現出抗SARS疫苗、抗體、藥物的團隊。到底疫
苗何時出現,林世明不願評估。不過台大團隊目前已在申請這項研究專利。

http://tw.news.yahoo.com/2003/05/30/health/ctnews/4020245.html
--
說不定是the canyon hypothesis?

還有一則 http://udn.com/NEWS/NATIONAL/NATS8/1357116.shtml 這可能也很有道理 ^^;;
八氫氧機辛烷酸
有人在 ptt SARS 版翻譯成
作者 sdamyun (阿謙) 看板 SARS
時間 Fri May 30 20:09:27 2003
HO(CH2)7COOH ?

昨天在家裡忙著弄 stereo dislay, 想把 SARS Coronavirus Mpro 的 3D structure 以 stereo 顯示出來。去年初時花了很多時間研究 stereo display, 遇了很多苦頭, 不過相對的, 有經驗後現在要處理就輕鬆多了~ 要使用 stereo 的關鍵, 在顯示卡、Display Driver/Stereo Driver、程式本身 與 CRT+stereo glasses。 只要 driver-level ready, hardware ready 後, 程式是非常好寫的。可惜要把 driver-level 搞定很花時間, 一旦環境 ok, 幾乎程式隨便寫都可以做出 stereo ^^;;

structure bioinformatics 相關的 software 很多, 今天試了 UIUC 的 JMV 與 VMD, 其中 JMV 是用 java jre + java3d 跑起來的, 有意思~ 不過相對的, 就要一些 java 相關環境設定好才能用, 有利有弊吧 ^^;;另外一個缺點是, 真容易 memory 就用完了 ^^;;

Thursday, 5,29,2003

下面有一則新聞, 剛好可以再一次說明抗體和抗原, 所以轉貼出來: (其中的關鍵字有: 血清中的SARS抗體、B型肝炎帶原者、血型)
 作者  somebodie (HiHi)                                     看板  SARS
 標題  [新聞]曹女士夫婦煞後捐血救人
 時間  Thu May 29 12:28:28 2003
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中央日報

  臺北訊

(前略)
   五、六天前,三軍總醫院的醫護人員急著聯絡已經康復的SAR
S病人,包括中鼎員工在內,希望這些人能夠捐血,利用血清中的S
ARS抗體治療受感染的醫護人員,但是這些康復病人有的血型不符
,有的是B型肝炎帶原者,只有蕭先生符合捐血條件。 

   蕭先生的血型是O型,又沒有感染B型肝炎,日前醫院將他的血
清抗體注射在A型血型染SARS護士體內,兩位護士的病情即獲
得改善,其中一位已經轉入普通病房的隔離病房,另一位護士雖在加
護病房內,但病情穩定。
(中略)
   在醫護人員的鼓勵下,曹女士和蕭先生發願投身公益,第一件事
就是捐血救人,醫護人員透露,當蕭先生獲知有護士染病時,什麼也
沒有多想,第二度捐出了一袋血。 

Wednesday, 5,28,2003

中午 Group meeting 時, 簡單地提了將要實作一個找蛋白質表面的方法 (似 SIGGRAPH2002某篇), 同時以凹洞為基本去做 3D matching
晚上則是過著快樂的時光, 花了很久的時間在 group meeting 時候介紹 德國科學家的論文與我手上的相關資料, 介紹了很久, 有一點暢快的感覺, 覺得悶很久了 ^^;;
同時, 當場蠻多人對於抗體(antibody)與抗原(antigen)很有興趣, 我推薦 一個很好的介紹的網頁, 是農化系莊容輝教授所作的: 漫畫:細胞大戰 。 上面那個是莊教授有深入淺出的方式, 用漫畫把觀念說得很清楚, 了不起!! 而且還幫助我把錯誤的觀念改正了 (啊~ 果然今天 meeting 又有說錯的觀念了 ^^;;) (免疫學的課本如果也這麼生動, 我記錯的情形可能可以好好的改善 ^^;;)

學長中午提醒我, 他在兩個月前曾經見過一篇 paper 將 Spherical Harmonic 拿來做 Protein 相關研究, 我要小心並找找。
老師也在晚上私底下給了點建議, 主要是看能不能和毛毛(學弟) 合作, 判斷與 找出 active site, 即 A 跑出的結果再丟到 B 裡面跑。 這種 methodology 突 然讓我想到下午聽到 "什麼東西都可以試著丟給 RBF 去跑" 的想法, 這些都是 有哲理在的, 都是些經驗啊 ^^;;

Tuesday, 5,27,2003

今天決定要弄一份介紹的 slides 明天介紹用, 晚一些再放來

Monday, 5,26,2003

今天才發現原來台大醫院的 SARS 介紹網頁又改版了, 內容更新, 版面也變得比較好看了 。

Sunday, 5,25,2003

今天呆在家裡用力地唸 paper, 尤其是 德國科學家在 13-MAY-03 發表的 "Coronavirus Main Proteinase (3CLpro Structure: Basis for Design of anti-SARS Drugs" 這篇在 Science magazine 的文章, 同時一邊唸一邊 動手畫畫看, 看看他們所描述的性質為何。收穫很大

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5,23,2003 開始唸, 原文於 5,14,2003 發表於 Science magazine.
Title: Coronavirus Main Proteinase (3CL-pro) Structure: Basis for Design of anti-SARS Drugs Authors: K. Anand, J. Ziebuhr, P. Wadhwani, J. R. Mesters, R. Hilgenfeld
這篇文章我五月十六日知道, 不過看的是 ScienceScope 的簡介, 
http://www.cmlab.csie.ntu.edu.tw/~jsyeh/SARS/#5_17_03
>     為了解析SARS病毒的結構弱點,Rolf Hilgenfeld教授與其研究團隊解析了兩種
> 冠狀病毒蛋白脢的晶體結構,一種病毒會在豬隻身上造成腹瀉,另一種則在人體造成
> 輕微感冒,經由蛋白脢結構晶體的成功解析,Rolf Hilgenfeld教授進一步發現,引
> 起流行性感冒的鼻病毒(Rhinovirus),其蛋白脢結構與SARS病毒蛋白脢有著高度的
> 相似,因此目前已於臨床試驗階段的對抗流行性感冒藥物-AG7088,或將AG7088進行
> 結構修飾,都將具有高度潛力用來干擾病毒蛋白脢活性,進而消滅SARS病毒。

我在沒有看原文的情況之下, 誤以為他們只是把 PDB 裡面的 3D structure 做研究,
其實, 德國的 Rolf Hilgenfeld 在盧比克大學 (uni-luebeck) 的 biochem 研究團隊,
長久地在做 CoV (coronavirus) 相關的研究, 尤其是 3D structure 部分, 之前我在
group meeting 那天所做實驗 render 出來的 coronavirus model, 即是他們在
29-MAY-02 一年前所做出來的 3D model, 也是 PDB 中唯一的 coronavirus model.
在他們的論文發在 science magazine 的同時, 他們也把論文中所提到的另外三種
3D structure 也 upload PDB 裡面, 所以現在 PDB 裡, 有 四個 coronavirus model.
因為是剛放上去的, 所以原來的光碟片裡面沒有這幾份新的資料。

他們在 Science Magazine 論文的主要內容是:
(1) 做出 HCoV 與 TGEV 的 3D structure。這是真實的 X-Ray crystallographic 資料,
    (因為他們對 coronavirus 的熟悉, 很快就有資料在做了)
    (其中 HCoV: Human coronavirus; )
    (TGEV: Porcine transmissible gastroenteritis virus 豬的腸胃炎)
    
(2) 比對 HCov, TGEV, SARS-CoV(Tor2), MHV, BCoV, IBV 的 coronavirus 1D sequence
    HCoV: 人
    TGEV: 豬
    SARS-CoV: Tor2(最早發表的四月中多倫多的資料)
    MHV: 鼠肝的 coronavirus
    BCoV: 牛的
    IBV: 鳥的
    
(3) 由上面兩個, 推論出 His41 與 Cys144 是 其中共通不變的重要地方 (可看成 active site)
    (這部分和 replication and transcription 有關)
    
(4) 設計合成一個解藥, 可以 bind 在這個位置。
    (合成 Cbz-Val-Asn-Ser-Thr-Leu-Gln-CMK, 長得像個鑰匙一樣)
    同時真的去 bind 在上面提到的位置, 然後做 X-Ray 繞射得到合起來的 3D structure.
    其中用的是 TGEV 而不是 HCoV 或 SARS-CoV, 因為

(5) 他們花很多篇幅, 講解 binding 的各個結構與對映的胺基酸結構, 並且對(2)中所列
    不同的病毒在這附近地方的性質做推導與講解, 一個個地胺基酸分析
        
(6) 雖然上面設計的解藥可以很漂亮地 bind 住, 推導也發現對其他相關病毒有效果, 
    不過因為可能對人體產生不知明的影響, 所以要找代替品, 經過 search 結構, 
    意外發現有一種人類有在使用的藥結構和剛剛的解藥很像: AG7088,
    這個藥是對 rhinovirus(鼻病毒)所引起的普通感冒已知有藥效。 雖然結構很像,
    不過可惜有一個很小的地方差一點點, 剛好卡住。
    
由上面的過程, 他們提出了一個可以 binding 的方法與一個可能可以簡單得到有效解藥
的起點(AG7088).
===========================================================
附圖是我照他們的建議, 把他們的資料畫出來, 同時把 PASS (Putative Active Site with Spheres) 的結果也畫出來合成一張圖

Saturday, 5,24,2003

昨天發現有些 PDB files 所記錄的 SITE 資訊是會重覆提到一些胺基酸, 像 117e 這個 file 中,
SITE     1 MN1  4 GLU A 117  ASP A 152  ASP A 115  ASP A 120
SITE     1 MN2  3 GLU A 117  TYR A  93  ASP A 120
SITE     1 MN4  2 ASP A 152  ASP A 147
SITE     1 MN5  4 GLU B1117  ASP B1152  ASP B1115  ASP B1120
SITE     1 MN6  3 GLU B1117  TYR B1093  ASP B1120 
SITE     1 MN8  2 ASP B1152  ASP B1147 
因為這個發現, 才知道自己對 SITE 的真實定義可能還不是完全正確, 所以 看了毛毛提過的 juang's web page, 在酵素的介紹裡面:

(此圖引自 台大農化系莊榮輝教授的網頁, http://140.112.78.220/BCbasics/Enzyme56.htm 已改成在計中的機器上, http://juang.bst.ntu.edu.tw/BCbasics/Enzyme56.htm)
於是乎, 找找 PDB files (還真多真難找 ^^;;), 發現他的 idcode 是 1hee. 找到 idcode 就可以真的去看看它親近它 ^^;;

Friday, 5,23,2003

我這個月一直在找 SARS 相關的資訊, 今天 NCBI 公布一份 putative coronavirus 
for SARS virus 的可能的 3D structure, 這份資料在 22-MAY-2003 於網路上公布, 
主要內容有兩份, 一份是我們所熟悉的, 在 14-MAY-2003 由德國科學家 Rolf 
Hilgenfeld 
所屬研究團隊所做實驗得到的資料. (發表在 13-MAY-2003 Science magazine). 
另一份我找不到原來出處, 也不是很了解他們的研究團隊。
 其中, 我在本週 group meeting 中間在 R505 所 demo 的那份資料, 裡面的 
coronavirus main proteinase 我發現這份資料剛好也是是德國科學家所得到的結論。
而他們所提出的可能解藥, 方向為修改能解鼻病毒的藥再做修改(約25% 的普通感冒是由
鼻病毒所引起) 。 相關資料如下:

第一份
第二份

 上面兩個連結, 在是昨天這份資料所描述的兩份可能結構部分. 
他們的研究方法, 是將病毒解碼出來的 ATGC 資料轉換成
20 種基本胺基酸的 1D sequence. 然後在已知基因庫中做比對, 
得到可能相關的對映蛋白質資料.
即  "pre-computed alignments with proteins with known 3-D struture  " 
所以, 便大膽猜測可能的 3D structure 和比到的蛋白質很像。 
約有 46% 和那個己知的 protein 相同 (也就是前天給老師看的那個蛋白質)

他們比到的資料如下:
>gi|22219306|pdb|1LVO|D Chain D, putative coronavirus nsp2 (3CL-PRO) 
[Transmissible gastroenteritis virus]  >gi|22219303|pdb|1LVO|A Chain A, 
Structure Of Coronavirus Main Proteinase Reveals Combination Of A 
Chymotrypsin Fold With An Extra Alpha- Helical Domain  >gi|22219304|pdb|1LVO|B 
Chain B, Structure Of Coronavirus Main Proteinase Reveals Combination Of A 
Chymotrypsin Fold With An Extra Alpha- Helical Domain  >gi|22219305|pdb|1LVO|C 
Chain C, Structure Of Coronavirus Main Proteinase Reveals Combination Of A 
Chymotrypsin Fold With An Extra Alpha- Helical Domain  >gi|22219306|pdb|1LVO|D 
Chain D, Structure Of Coronavirus Main Proteinase Reveals Combination Of A 
Chymotrypsin Fold With An Extra Alpha- Helical Domain  >gi|22219307|pdb|1LVO|E 
Chain E, Structure Of Coronavirus Main Proteinase Reveals Combination Of A 
Chymotrypsin Fold With An Extra Alpha- Helical Domain  >gi|22219308|pdb|1LVO|F 
Chain F, Structure Of Coronavirus Main Proteinase Reveals Combination Of A 
Chymotrypsin Fold With An Extra Alpha- Helical Domain
SGLRKMAQPSGLVEPCIVRVSYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTTRV-INYENEMSSVRLHNFSVSK
NNVFLGVVSARYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSIKAGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSF
IAGTCGSVGYVLENGILYFVYMHHLELGNGSHVGSNFEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYA
ALINGERWFVTNTSMSLESYNTWAKTNSFTELSS--TDAFSMLAAKTGQSVEKLLDSIVR-LNKGFGGRT
ILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQ
>gi|29837498 putative coronavirus nsp2 (3CL-PRO); 3C-like proteinase [SARS 
coronavirus]
SGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDTVYCPRHVICTAEDMLNPNYEDLLIRKSNHSFLVQA
GNVQLRVIGHSMQNCLLRLKVDTSNPKTPKYKFVRIQPGQTFSVLACYNGSPSGVYQCAMRPNHTIKGSF
LNGSCGSVGFNIDYDCVSFCYMHHMELPTGVHAGTDLEGKFYGPFVDRQTAQAAGTDTTITLNVLAWLYA
AVINGDRWFLNRFTTTLNDFNLVAMKYNYEPLTQDHVDILGPLSAQTGIAVLDMCAALKELLQNGMNGRT
ILGSTILEDEFTPFDVVRQCSGVTFQ

 是那麼接近的感覺~ 好興奮~ 呵呵, 不過心中有一點擔憂, 哈哈, 想太多了~ 

小葉

下面是我依照這個猜測, 所畫出來與所算出來的資料:(按小圖會放大, 停留時會 show hint)
A Known Coronavirus in PDB Button-left is Chain D only Show Chain D only, Chain D is the Matched Part Zooming Chain D Filled all hole in Chain D Show the hole part (PASS), Active Site Possible

Possible Drug Model proposed by the research group of R.Hilgenfeld.
發信人: 小葉                           信區: 小葉
標  題: 太興奮了, 不能睡, 接下來幾天都不能睡!!!!
發信站: 不知名的小站 (Fri May 23 03:49:40 2003)

我身上有著神聖的使命, 從現在開始的幾天, 我都不能去睡,
這是個關鍵的時刻, 這是個重要的時刻~
我, 小葉, 從現在開始不睡了~ \_/  

Thursday, 5,22,2003

今天發現我的 alphashape 程式有點問題, 哎~

昨天聽到毛毛提到 Protein 的 Superfamily, 非常有趣, 可以試著用自動的方法做做看。 *^_^*

NCBI SARS Coronavirus Resource, 另外, 世界各地的研究人員一直把研究成果放出來, 我要加油~ 我要努力才行~ p(*^^*)q

一些縮寫: E (small envelope), S (spike), M (membrane), N (nucleocapsid), ORFs (overlapping coding frames), SARS-CoV (SARS coronavirus)

超級重要: 22-MAY-2003 有人 alignment 出可能的 3D-structure 了!!! NP828869, NP828863


SARS protein sequences were compared by BLAST/PSI-BLAST to sequences for which 3D structure is known. SARS proteins for which related 3D-structures were found are listed below. The links present sequence alignments and mapping onto the related 3D structure using the Cn3D molecular graphics viewer. Additional related structures were selected from the VAST 3D-structure neighbors of the proteins identified by BLAST/PSI-BLAST.

pre-computed alignments with proteins with known 3-D struture

NP_828863
putative coronavirus nsp2 (3CL-PRO); 3C-like proteinase [SARS coronavirus] gi|29837498|ref|NP_828863.1|[29837498]

NP_828869
putative coronavirus nsp9 (RdRp); RNA-dependent RNA polymerase[SARS coronavirus] gi|29837504|ref|NP_828869.1|[29837504]


Wednesday, 5,21,2003

今天 Meeting 時有給一些人看一下現在我做的成果,
幾天沒睡好覺, 接下來還要繼續努力 ^_^

雖然這份筆記的重點不在日常生活中常見的 SARS 防護方法與新聞, 不過今天 有學弟提到了 "手術用口罩(一面綠一面白那種) 要怎麼載?" 於是乎, 便再去查 了一下... 結果, 大家的看法都不一樣, 算了... 就像消基會說加油站賣的口罩不合格, 加油站說這是合格的, etc. 反正口罩就是口罩, 別管那麼多吧~ ^^;;
 作者  chuangyj (chuangyj)                                  看板  SARS
 標題  [問題] 請問口罩的戴法(關於張昭雄的說法)?
 時間  Tue May 13 21:36:48 2003
───────────────────────────────────────
   謠言區內收錄一篇新聞,張昭雄說健康者戴外科手術用口罩為內綠外白,
   但3如何預防->2.口罩 卻沒有這一篇文章,但有一篇說要將有顏色的戴外面,
   請問這樣是否表示張昭雄的說法是錯誤的呢?
   如果張昭雄說的是錯的,那我真是被他騙了~  -_-|||
   謝謝回答!!!
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.csie.ntu.edu.tw)
◆ From: 140.112.232.68
→ Monine:我們在手術房都是綠色在外面                   推  211.22.100.66 05/13
→ shch:你應該是被騙了                                 推140.113.166.162 05/13
→ hsilin:可能是為了防止進入的方向不同吧               推  210.85.151.61 05/13
→ cammy:沒有被騙..只是專家分為二派說法 都可以啦       推 140.112.216.64 05/13
→ Jetame:手術房是怕你感染病人,所以綠色帶外面         推  140.129.62.60 05/14
→ Jetame:如果是怕被人感染,綠色戴裡面,似乎如此?     推  140.129.62.60 05/14
→ Monine:手術房中綠色代表無菌面(兩邊材質應該一樣      推  211.22.100.66 05/14
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 作者  TSIS (堅持到底)                                      看板  SARS
 標題  Re: [問題] 請問口罩的戴法(關於張昭雄的說法)?
 時間  Tue May 13 22:01:29 2003
※ 引述《chuangyj (chuangyj)》之銘言:
:    謠言區內收錄一篇新聞,張昭雄說健康者戴外科手術用口罩為內綠外白,
:    但3如何預防->2.口罩 卻沒有這一篇文章,但有一篇說要將有顏色的戴外面,
:    請問這樣是否表示張昭雄的說法是錯誤的呢?
:    如果張昭雄說的是錯的,那我真是被他騙了~  -_-|||
:    謝謝回答!!!
   嗯  我之前實習也都是把外科口罩綠色面帶向外
   昨天我在新聞看到台北護理學院的同學戴口罩
   他們也是把綠色面戴向內阿
   不知道各位有在醫院的大大
   能否告訴我正確的戴法呢.....  
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 作者  dynamo (dynamo)                                      看板  SARS
 標題  Re: [問題] 請問口罩的戴法(關於張昭雄的說法)?
 時間  Tue May 13 23:17:59 2003
好像是白色那面可以吸附口沫
如果你想吸自己的口沫  就把白色靠裡面
想吸別人的口沫就把白色向外面囉
所以健康的人把白色向外面應該也可以 
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 作者  alicereport (alice)                                  看板  SARS
 標題  Re: [問題] 請問口罩的戴法(關於張昭雄的說法)?
 時間  Wed May 14 20:40:00 2003
如果真如名醫張昭雄先生所言
也請回憶一樣,過去在醫院看病的時候
醫生都是怎麼戴口罩的呢?
記憶中都是綠色朝外的吧?
照張大名醫的說法,是否我們的醫生都病了,所以通通白色朝內?
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.csie.ntu.edu.tw)
◆ From: 61.64.80.141
→ TSIS:那位啥不可能是有兩派說法呢                     推   61.228.45.16 05/14
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 作者  terryyeh (為勤姓之子禱告..)                          看板  SARS
 標題  Re: [問題] 請問口罩的戴法(關於張昭雄的說法)?
 時間  Mon May 19 18:59:37 2003
※ 引述《alicereport (alice)》之銘言:
: 如果真如名醫張昭雄先生所言
: 也請回憶一樣,過去在醫院看病的時候
: 醫生都是怎麼戴口罩的呢?
: 記憶中都是綠色朝外的吧?
: 照張大名醫的說法,是否我們的醫生都病了,所以通通白色朝內?
: ※ 引述《chuangyj (chuangyj)》之銘言:
: : 雖然說這篇文章放在謠言區,但卻沒有提到到底哪裡錯了?
: : 張昭雄的說法是健康者白色朝外,生病者白色朝內,
: : 那到底應該是對調過來,還是通通白色朝外或朝內,我實在是看不出來..
: : 可能是我太笨了,還是希望有人可以幫我解答,謝謝大家!!

  剛剛聽到的說法是....
  因為醫生在開刀房中怕把細菌傳給病人....
  所以綠色朝外.....
  一般人使用時因為怕病菌從外界進入....
  所以綠色朝內..... 
  醫療器材行說的!!!
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.csie.ntu.edu.tw)
◆ From: 61.230.229.28
→ zstar:目前外科口罩主防傳染給別人吧,仍應綠朝外       推   61.59.150.12 05/19      
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 作者  alicereport (alice)                                  看板  SARS
 標題  Re: [問題] 請問口罩的戴法(關於張昭雄的說法)?
 時間  Mon May 19 20:03:28 2003
※ 引述《terryyeh (為勤姓之子禱告..)》之銘言:
:   剛剛聽到的說法是....
:   因為醫生在開刀房中怕把細菌傳給病人....
:   所以綠色朝外.....
:   一般人使用時因為怕病菌從外界進入....
:   所以綠色朝內.....
但是,即使在普通的外科門診
醫生也是綠色面朝外的吧

Tuesday, 5,20,2003

因為我放在這裡的筆記, 著重於 SARS 相關的研究與我下手的方法, 所以對於日常生活中常見的 SARS 防護方法與新聞, 其實不傾向整理放上來。 同時每天收集相關資料時, 其實都有點心驚膽跳的 ^^;; 而別人的研究也做的 實在是很快 ^^;;

 作者  honu (桶后的閃閃螢火蟲)                              看板  SARS
 標題  [科學人雜誌]SARS冠狀病毒基因現形!
 時間  Tue May 20 02:51:09 2003
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※ 引述《honu (桶后的閃閃螢火蟲)》之銘言:
:     Genome Sequences of Two SARS Virus Strains Confirmed
:     http://www.sciam.com/article.cfm?articleID=000BFE14-7FC7-1EB1-BDC0809E
:     C588EEDF&pageNumber=1&catID=1

SARS冠狀病毒基因現形!

撰文╱王心瑩

    近期在亞洲及其他一些地區肆虐的「嚴重急性呼吸道症候群」(SARS)已經在全
球快速奪走478條人命(到5月6日為止)。全球為了努力遏止SARS繼續傳播,大多數
的研究資訊都盡可能快速地公佈周知。科學家先前已經找出可能引發SARS病徵的元兇
,而世界各地的研究人員也各自進行基因定序的工作,台灣的台大醫院也在5月6日正
式公佈最新研究結果。目前確定有數種不盡相同的病毒基因組,5月1日《科學》期刊
便在其所屬的「科學快遞」網站上發表最早提出的兩篇論文。研究人員希望藉由了解
病毒的完整基因組,以及相關的蛋白質構造與特性,能夠更了解病毒的致病機制,進
而協助發展SARS的診斷方法、治療方法及疫苗的研發。

先前《新英格蘭科學期刊》已於4月10日於網路率先發表兩篇論文,兩個研究團隊均指
出,一種突變的冠狀病毒(coronavirus)應為引發SARS的元兇。冠狀病毒是一群具有
套膜的RNA病毒,其RNA約由30000個鹼基組成,為目前已知最大的RNA病毒之一。過去
認為冠狀病毒分為三大類,其中兩類會感染哺乳動物,另一類只感染飛禽,基本上這
類病毒的宿主相當專一,主要引發上呼吸道與腸道感染,然而此次引發SARS的冠狀病
毒似乎沒有這麼容易對付,行蹤飄忽難以掌控。

   《科學》期刊5月1日發表的論文中,其中一篇是以加拿大卑詩省癌症機構基因科
學中心為首的研究團隊共同完成,他們也是全球第一個發表SARS冠狀病毒完整序列的
團隊,早在4月14日便將之放上網路。他們的檢體取自加拿大多倫多的一位病患,所
定序出的病毒命名為「多倫多株」(Tor2 strain),其基因組長度為29751個鹼基,
經系譜分析比對序列後,他們認為這個新種病毒與已知的三大類冠狀病毒均不甚相似
,不過與兩種人類的冠狀病毒HCoV-OC43和HCoV-229較為接近。加拿大團隊建議將這
類可能引發SARS病徵的冠狀病毒列為第四大類,稱為SARS-CoV。

    加拿大團隊比較SARS-CoV與已知三類冠狀病毒的序列,並沒有發現太顯著的序列
互換,因此這個團隊推測,可能有某種未知宿主身上有未知種類的冠狀病毒,在近期
內發生小規模的突變,轉變成可以感染人類的種類;當然也可能是由原本對人類無害
的冠狀病毒突變而來。如果能夠找出突變前到底是哪一種冠狀病毒,那麼藉由比對兩
者序列的差異,以及研究宿主身上抗體的特性,或許可以盡快找到比較可靠的治療方
法與疫苗。

    《科學》發表的另一篇文章是一個國際研究團隊共同完成,由美國疾病防制中心
(CDC)的羅塔(Paul A. Rota)領導,他們的樣本來自一位病逝於越南河內的病人,
取得其呼吸道檢體,而定出病毒的基因序列,基因組長度為29727個鹼基,含有11個
開放讀碼區(指可轉錄出一整段胺基酸列的段落)。他們將這種病毒命名為「厄巴尼
株」(Urbani strain),也確定這種病毒屬於冠狀病毒的一種。

    國際團隊論文的共同作者之一、同屬CDC的歐貝斯提(Steven Oberste)說,他
們定出的病毒與「已知的冠狀病毒顯然是不同的」。這種病毒株的基因組整體構造,
與目前已知的三類冠狀病毒大致相同,不過進行系譜分析與序列比對後發現,某些特
定蛋白質的胺基酸序列有顯著的差異。歐貝斯提指出︰「這項新的分析雖已出爐,但
對於了解病毒起源幫助不大。」

    確實,厄巴尼株與多倫多株雖然只有8個鹼基不一樣,但這些差異主要呈現在用來
複製遺傳物質的酵素上,並在外部形成不同的病毒套膜,也就是說,這些蛋白質是決
定病毒感染機制與途徑的關鍵角色,因此任何突變可能就會使得感染過程出現變化,
而各地病毒的些微差異也使感染途徑略有不同,因此病毒可能極易逃過藥物與疫苗的
攻擊,更增治療難度。

    《科學》期刊也整理了截至4月29日為止的全球基因定序現況,除前述的厄巴尼
株與Tor2株之外,已定出完整序列的還包括香港大學發表的HKU-39849、香港中文大
學的CUHK-W1,以及新加坡基因體研究中心與新加坡綜合醫院共同發表的KYK。

    台灣受到SARS波及嚴重,台大醫院也於5月6日發表台灣病患樣本的冠狀病毒定序
結果與相關研究。台大定出的病毒株命名為「台灣一號」(TW1),長度為29729個鹼
基,經序列比對發現,台灣一號與多倫多株最為相近,只相差3個鹼基,而與香港和
越南的病毒株差異稍大,相差約11~12個鹼基。由於現有的基因序列越來越多,彼此交
叉比對或許可以找出傳染途徑,甚至找出關鍵的蛋白質。台大是在4月9日由檢驗科主
任高全良首度成功培養病毒,並約在4月14日純化出病毒顆粒。他們也觀察到病人免疫
系統中的單核白血球有浸潤現象(即不正常蓄積),且病毒引發強烈的T細胞反應,產
生大量的細胞素(cytokine),使得巨噬細胞活性急速上升,甚至吞噬紅血球,而在
病患體內引發一連串致命的效應。

    由於現今基因定序儀器與技術的高度普及,各個受到SARS嚴重威脅的國家莫不全
力進行各地病毒基因的定序工作。《科學》期刊在評論中特別以北京華大基因研究中
心為例,這個以定序出全球第一個稻米基因著稱的團隊急欲有所成績,但受限於中國
政府的步調無法施展,直到4月15日才拿到中國軍事醫學科學院提供的第一個樣本。
以他們嫻熟的技術,不出幾天就發表了BJ01、BJ02、BJ03、BJ04與GZ01等病毒株的部
份序列。

    由於尋求SARS的治療方法日益迫切,加上相關傳言紛飛,不易判別真實程度,因
此位於日內瓦的國際衛生組織預計成立一個SARS基因多樣性資料庫(SARS genetic
diversity databank),結合臨床資料庫累積的資料,希望能統整資料,儘早找到可
行的方法。

【延伸閱讀】

「科學快遞」網站上可參考兩篇病毒基因定序的論文,以及數篇相關評論文章。


《新英格蘭醫學期刊》也於第一時間在網站上發表兩篇檢出冠狀病毒的論文。

Monday, 5,19,2003

今天來學校和學弟們聊, 同時和他們介紹最我的試的狀況。 這時 毛毛 學弟和我提及了 莊榮輝教授 (台大農化系教授), 與他寫的一些中文介紹 一些生化知識, 像 Biochemistry Basics 胺基酸 等等。 雖然現在才知道有點晚 (啥?! 我動工幾個星期了 ^^;) 不過列一下給大家做個參考。 ^_^
Oh! 其實不晚, Juang's Web Page 中有太多有用的 Information 了 ^^;;

Sunday, 5,18,2003

找資料逛啊逛的時候, 發現有一個系上學弟好像在 2003 年初動手在做 Protein 相關的研究, 同時收集了一些資料, 覺得很眼熟~ 真好~ :) Darby Chang's PROMAT

另外, 就是開始用 RasMol, 之前沒有用它的原因只是因為 PDB Release #103 (Jan 2003) 裡面的 /pub/xtrn_sw/RasMol/ 檔是壞的, 所以直接以為那是很舊沒人用的程式, 不過今天真的 check 一次, 才發現這是個好東西 ^_^ 當然就開始用囉~ ^^;;

Saturday, 5,17,2003

今天讀到一則翻譯的文章:
 作者  honu (桶后的閃閃螢火蟲)                              看板  SARS
 標題  [科景]SARS病毒的弱點!! (翻譯自Science)
 時間  Sat May 17 20:49:22 2003
───────────────────────────────────────
醫學:SARS病毒的弱點!!

編輯:Frank

    德國科學家成功解析SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome)病毒結構弱點
,藥物研發露出勝利曙光!!

    2003年三月,當世界衛生組織(World Health Organization 簡稱WHO)確認一位
病患於越南河內感染SARS病毒死亡,又發覺似乎有更多的類似病例於香港及中國出現
後,史無前例地對全球發出警告,以便讓其他國家有充分的時間來因應這潛在的危機
,不幸地,台灣並未因此而躲過一劫,短短不到兩個月時間,竟也造成了上百人感染
,數十人死亡。

    SARS病毒的囂張猖狂,也激起了全球科學家征服的慾望,短短兩個月時間,找到
了導致SARS的兇手-冠狀病毒(coronavirus),加拿大英屬哥倫比亞癌症研究中心 
(BCCRC)與美國疾病防治中心(CDC)也相繼公佈病毒基因組序列,相隔一個月,德國
Luebeck大學的Rolf Hilgenfeld教授與其研究團隊,更成功找出SARS病毒的弱點,這
將大大提高製藥學家藥物研發的速度,而他們的成果也即將刊載在2003年五月份的美
國知名期刊-科學(Science)。

    文中指出,蛋白脢(protease)掌控了SARS病毒複製的主要關鍵,如果病毒無法
順利複製,對人體所造成的破壞也就大大降低,因此影響蛋白脢活性也成為藥物集中
攻擊的目標。"It's the Achilles' heel of the virus"(這是SARS病毒致命的弱點)
,針對蛋白脢發動攻擊,我們相信能阻止SARS病毒的傳染,Rolf Hilgenfeld教授指
出。

    為了解析SARS病毒的結構弱點,Rolf Hilgenfeld教授與其研究團隊解析了兩種
冠狀病毒蛋白脢的晶體結構,一種病毒會在豬隻身上造成腹瀉,另一種則在人體造成
輕微感冒,經由蛋白脢結構晶體的成功解析,Rolf Hilgenfeld教授進一步發現,引
起流行性感冒的鼻病毒(Rhinovirus),其蛋白脢結構與SARS病毒蛋白脢有著高度的
相似,因此目前已於臨床試驗階段的對抗流行性感冒藥物-AG7088,或將AG7088進行
結構修飾,都將具有高度潛力用來干擾病毒蛋白脢活性,進而消滅SARS病毒。

    不必因為SARS病毒而恐慌過度,患者更不必因為感染而喪志尋短,根據世界衛生
組織的統計,截至2003年五月十六日為止,已有近三千六百人名患者重獲健康,若從
年齡層來分析SARS致死率,24歲以下的病患低於百分之一,25歲到44歲為百分之六,
45歲到64歲也僅為百分之十五,加上藥物的開發已露出勝利曙光,相信臨床試驗的成
功就在不遠處,面對SARS病毒,只有用堅定的意志來貫徹自我不凡的求生信念,才能
讓強大的免疫大軍與其周旋抗衡。

    明知眼前的病人有高度傳染性疾病,但是,醫師必須勇敢地診察治療,藥師還是
耐心地解說用藥,醫檢師依舊仔細地進行檢驗,護師仍然熱心地看顧照料,因為,拯
救病人的性命是醫事人員的天職,就像在戰場上捍衛家園的軍人一樣,唯一不同的是
,他/她們面對的,是肉眼看不見的敵人。為人類健康犧牲奉獻是所有醫事人員應有的
體認與覺悟,而這也是廣受社會大眾推崇敬佩的主要原因,年輕盡職醫護人員的殉職
,令人悲痛不捨,但在這場SARS戰役中,他/她們是台灣百姓心目中永遠的英雄!!

本文向抗疫英雄-北醫林重威校友致意
原始論文:
1. Coronavirus Main Proteinase (3CLpro) Structure: Basis for design of
   anti-SARS drugs. Science, Published online, doi:10.1126/science.1085658
   (2003)
2. Nature Science Update (2003/05/15):SARS' Achilles' heel revealed.
3. USA TODAY(2003/05/13):Lab study suggests that modified cold drug might
   be effective against SARS. 
4. WHO confirms SARS more deadly. CNN.com, May 9 (2003)
--參考來源:
Coronavirus Main Proteinase (3CLpro) Structure: Basis for design of anti-SARS
drugs. Science, Published online, doi:10.1126/science.1085658 (2003)
Nature Science Update (2003/05/15):SARS' Achilles' heel revealed
USA TODAY(2003/05/13):Lab study suggests that modified cold drug might be
effective against SARS.   


原文在:
Coronavirus Main Proteinase (3CLpro) Structure: Basis for Design of Anti-SARS Drugs
Kanchan Anand, et al. Published online 13 May 2003; 10.1126/science.1085658
http://www.sciencemag.org/cgi/rapidpdf/1085658v1
另外, 有人直接拿 genome sequence 來分析, 發現 SARS 的 coronavirus 和 目前已知道 coronavirus 很不一樣:
Characterization of a Novel Coronavirus Associated with Severe Acute Respiratory Syndrome
Paul A. Rota et al.
Published online 1 May 2003; 10.1126/science.1085952
The Genome Sequence of the SARS-Associated Coronavirus
Marco A. Marra et al.
Published online 1 May 2003; 10.1126/science.1085953
The sequences of two isolates of the coronavirus associated with SARS show that it is not closely related to any of the previously characterized coronaviruses.

另外主要我今天就是在重弄研究的環境, 包括 PDB 及其他相關的 paper, 剛剛 看到上面那篇論文翻譯, 便驚覺 3D structure 的分析全世界都在做, 我腳步要再 加快一些才行。

Friday, 5,16,2003

觀察試了一些 Protein 的 SITE information, 發現位置真的很不直覺, 而確定了兩件事:
1) 有包含 SITE 的 Protein Surface 沒那麼好求, 要研究研究。
2) 要著手唸唸相關的論文, 因為要走進去了, 要完整 survey 才夠。
同時, 一些相關的期刊等也要去翻翻, 以進入別人的領域。 當然, 無奈地, 今天要從 UIUC/Duke U 的 alpha-shape 下手。

今天讀到一份不錯的文章, 解釋現在科學家在基因序列上做什麼分析與其意義。
 作者  honu (桶后的閃閃螢火蟲)                              看板  SARS
 標題  [科景]SARS病毒從哪來?
 時間  Wed May 14 14:37:00 2003
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  生物:SARS病毒從哪來?
  編輯:wcchou

      新加坡基因體研究所根據自行解出的5條SARS病毒的序列,並納入其他國家日前
  公佈的9條序列進行分子親緣比對,以瞭解目前病毒突變的狀況,更藉此想找出病毒
  的來源。

      自四月中加拿大科學家率先發表SARS病毒基因序列以來(詳見Sciscape新聞—
  SARS病毒基因解碼),其他SARS研究團隊也陸續公佈自己國內的SARS病毒序列,台灣
  則是由台灣大學於數日前公佈台灣第一條完整的SARS病毒序列。在這些研究團隊中,
  以新加坡基因體研究所的研究進度最為迅速,他們不但自行解出五條不同SARS患者的
  病毒序列,並且完成與其他團隊發表之病毒序列的比對分析工作。

      目前NCBI網站上已經公佈有14條SARS病毒完整序列(新加坡5條、香港2條、中國5
  條、美國1條、加拿大1條),新加坡的科學家針對這已知的14條序列進行比對,期望
  從序列的變異程度得到一些訊息。科學家初步分析發現在這14條序列中只有127個位置
  發生核甘酸變異,而其中94個造成胺基酸改變,突變數目不到整個病毒序列的0.5%。
  在這127個變異位置只有16個位置的變異存在兩條以上的序列,這表示多數的核甘酸變
  異屬於病毒自發性的突變,因此科學家只利用這16個變異位置來分析病毒演化的親緣關
  係。科學家在比對這幾個關鍵的變異位置中認為這14條序列可以被分為兩種基因型,
  其中一種包含新加坡5條、香港1條、美國1條、加拿大1條共8條序列,這8個患者SARS
  目前已經知道與香港九龍京華酒店的傳染有關,都是被一名來自廣東的旅客所感染;
  至於另外6條的來源則集中於中國的北京與廣東。科學家根據分子標記與流行病學的研
  究結果均共同指向廣東就是這次SARS傳染的發源地。

      至於我們擔心病毒是否快速變異這件事,科學家根據分析結果認為病毒應該已經
  適應與人類共存的環境,因此短時間內病毒應該不會有病毒變種產生,不過對於已知
  的127個變異對於病毒的功能是否有影響,科學家認為還需要再深入探討。對於「病毒
  未快速變異」這件事,科學家覺得有如雙刃劍有好有壞,在壞的一方面是我們不能期
  望病毒會因為突變導致毒性減弱而降低死亡率,但是好的一面是科學家發展的疫苗將
  不用擔心病毒快速突變而失去效用。

      從SARS病毒發現至今不過一個多月,相關的研究工作已如火如荼的展開中,雖然
  所有的基因序列已被解出,但是想瞭解每個基因所表現蛋白的功能,看來還有很長的
  路要走。

原始論文      

Ruan YJ et al. Comparative full-length genome sequence analysis of 14 SARS
coronavirus isolates and common mutations associated with putative origins of
infection. The Lancet, Published online May 9,
http://image.thelancet.com/extras/03art4454web.pdf (2003) 

Thursday, 5,15,2003

找到了, TW1 coronavirus 的 sequence SARS coronavirus TW1NCBI找到的。
(06-MAY-2003) by Yeh,S.-H., Kao,C.-L., Tsai,C.-Y., Liu,C.-J., Chen,D.-S. and Chen,P.-J.

工研院生醫中心的 coronaivurs 資料比對

今天聽到兩個名詞: NCRC, Side-chain, 其中 NCRC 很陌生, 要查查, 同時驚覺 其實生化相關知識太缺乏, 要趕緊補齊。

SARS Info 中的研究進展
http://homepage.ntu.edu.tw/~b88401105/News-research.htm
【2003/04/29】 WHO 目前的實驗室檢驗法。
  1. 分子檢測(PCR)
     目前多使用 RT-PCR(反轉錄聚合(酉每)連鎖反應),已有多組被設計出。依以往的經驗 來看,PCR 較具特異性但敏感性較差,意即即使是陰性結果仍不能排除得病可能。而且 也需考慮樣本是否被污染。建議 是包含下列三項︰
        
    1. 一個對萃取步驟的 negative control 與一個水的 PCR negative control   
    2. 一個對萃取步驟與 PCR 的 positive control   
    3. 一個病人樣本與較弱的 positive control 混合做為 inhibitory control 確認是專一對 SARS
     聯合實驗室的結果︰
      Bernhard-Nocht Institute︰http://www.bni-hamburg.de/
      Centers for Disease Control & Prevention︰http://www.who.int/csr/sars/CDCprimers.pdf
      Government Virus Unit︰COR-1,COR-2: sense 5' CAC CGT TTC TAC AGG TTA GCT AAC GA 3'
                   antisense 5' AAA TGT TTA CGC AGG TAA GCG TAA AA 3'
                   Product size: 310 bp
      Queen Mary Hospital︰HKU: sense 5' TACACACCTCAGCGTTG 3'
                  antisense 5' CACGAACGTGACGAAT 3'
                  Product size 182 bps
    
  2. 抗體測試
     抗體多在初期無法被偵測,而 IgG 是在病徵出現時可被偵測的到。目前有 ELISA 與  immunofluorescence assay 兩種,但尚未上市。在出現病徵後 21 天的陰性結果 通常代表非 SARS 感染造成。
      ELISA︰加入 IgM 與 IgG 來偵測病人的血清,通常在發病後 21 天較準確。
      IFA︰偵測病人血中的 IgM,在發病後 10 天呈現陽性
  3. 細胞培養
     雖然是十分必要的測試,但是僅代表有活的病毒存在,陰性結果也不能排除患病可能性。  

Wednesday, 5,14,2003

NCBI Result 接下來就靠 NCBI 過活了。

小葉的 YES FASTA format HowTo!

今天查到一份 5,7,2003 的報導, 對於一些我不懂的名詞, 有一個目標去查:
PCR;Polymerase Chain Reaction 輔助聚合(酉每)連鎖反應
E1, E2, M, N, C-DNA, S, E, M Protein
研發疫苗 最快1年有成
記者楊惠君/報導 2003/05/07

台大已開發出免疫螢光檢驗試劑,可在病患發病10天後,偵測體內抗體,輔助聚合(酉每)連鎖反應 (PCR),提高SARS檢測準確度,也展開初期檢測試劑及疫苗研發。台大醫學院生化及分子生物研究所所長張明富表示,研究團隊已找到SARS病毒的互補C-DNA,並鎖定幾個可表現SARS病毒基因的關鍵蛋白質包括E1、E2、M、N,可望做為早期偵測SARS感染的標記,及早篩檢潛伏期或發病初期的SARS病患,也是疫苗研發的重要工具。

台大目前已分組展開DNA疫苗及蛋白質疫苗研發。台大小兒科教授江伯倫表示,目前已發現SARS病毒外層的S、E、M蛋白質,是感染細胞、進入人體最重要的蛋白質,可送到以DNA載體、大腸桿菌及昆蟲細胞做為質體,大量產生去毒的重組蛋白,理論上,把重組蛋白打入體內,可中和抗體,阻斷病毒感染,達到預防染病的效果。

Tuesday, 5,13,2003

今天看到國高中心列出來的 新增6筆sars 鹼基序列, 目前ncbi共release 12筆sars 鹼基序列(2003-05-13 12noon), 不過呢, 還是沒有看到 上個星期台大醫院公布的資料, 可能台大醫院他們有他們的考量吧。

另外, 台灣政府決定買2000台視訊電話來監督居家隔離, 只是覺得可惜, 2000*6000nt$ 如果可以在台灣採購, 應該對一些台灣廠商生計有些幫助, 好像扯遠了, sorry ^^;;

以下無斷轉載, 因為很多名辭搞不懂, 幾天之後背起來就移除, sorry ^^;;

作者: drug (嗜睡成性) 看板: General
標題: 反轉錄病毒
時間: Tue May 13 12:39:39 2003

     一種RNA病毒,病毒體內含有反轉錄酵素(reverse transcriptase), 可以把
RNA反轉錄成DNA接著病毒的DNA再插進宿主的體中進行複製,並非所有的RNA病毒
都是反轉錄病毒, 目前也沒有足夠的證據顯示SARS病毒是反轉錄病毒.   

作者: Monkey (可惡的-ssRNA病毒) 站內: General
標題: Re: Coronavirus是什麼
時間: Tue May 13 10:56:56 2003

※ 引述《drug (嗜睡成性)》之銘言:
: 冠狀病毒的遺傳物質是RNA, 長度約在27-31kb, 是所以RNA中最長的,此
: RNA5`端有具甲基, 而3`端有poly-A其作用就像mRNA一般,
: 可以繼續轉譯出蛋白質.其結構為不規則型,直徑約為70至220微公釐,具有外膜,
: 上有冠狀邊飾突出物,此病毒很不穩定,若存在PH值在7.2至7.7之外的溶液時,
: 就會失去活性.?

Well:
這種講法太籠統!
說病毒存在 pH 7.2 - 7.7 之外的氫離子濃度時會失活要加上時間、溫度、
溶液的濃度跟種類才有意義!要不然過個兩個月以後才失活......我也可以
說它不能存在特定的氫離子濃度中.................................... 
第二,真核生物的mRNA的3端的聚A尾巴不是用來轉譯成蛋白質的!!
這段尾巴根本就不能轉譯出蛋白質來,它是用來控制前面ORF轉譯蛋白質
時的辨認用........................................................
我真的很想問,您這是哪裡抄的??????
Monkey 
=============================================
: Well:
: 錯!
: Corona Virus 本身的 Genome 是負性的單股 RNA。也就是說,它在要表現
: 或是複製自身的核酸時,必須先以這股負性單股的RNA為模板,複製出相對
: 應的正性的RNA,再以這股正性的RNA當作模板,轉譯出病毒的蛋白或是
: 複製出負性的RNA。而之所以RNA病毒變異的機率高,就在於以RNA複
: 製RNA時的複製酵素 RNA-dependent RNA polymerase 不是 Reading proof
: 的酵素(不同於多數的 DNA polymerase) ,在複製的過程中很容易將錯誤的
: BASE插入序列中,而造成變異,並不是自己的核酸序列容易突變........ 

作者: huxley (雙輪大法好) 看板: General
標題: Re: Coronavirus是什麼
時間: Tue May 13 19:27:26 2003

※ 引述《leafy (一時衝動真可怕)》之銘言:
: ※ 引述《sar (啥)》之銘言:
: : 雖然 r 或 k 的策略沒有哪一種比較好
: 恕小弟無知,r和k是什麼?
生態學泡泡
簡單的說,r=rate of increase,k=saturation density
翻成人話,r就是拼命生,生愈多愈好,k就是想辦法更有效率地利用環境資源。
引用俗語,r是重量不重質,k是重質不重量。
(翻出課本)有個有名的公式叫Lolita-Vodka......不是,是Lotka-Volterra Equation
它表示族群的增長是這樣寫滴
dN/dt=rN(K-N)/K
N=現有族群數

呼......生態學課本都長蟲了......
  

Monday, 5,12,2003

今天試了 DeepView, 唸完 Gale Rhodes DeepView Tutorial 後, 對 DeepView 有更進一步的了解。 同時確定了一級結構要推出三級結構真是件困難的事。

Sunday, 5,11,2003

今天很用力地唸 amino acid, 並整理了兩張表格: Yes_Amino_HowTo

同時隨手試了一張圖 Lysozyme (E.C.3.2.1.17) complexed with the inhibitor (1hew.pdb):

下一個目標, 就是把 SARS corona virus 以分子等級畫出來 :)

不過如果只是 FASTA ATCG sequence 轉成 Amino Acids sequence 應該是沒用的, 因為只是 1D sequence 再怎麼 render 還是一大線或一大條 Helix。所以我的 很偉大的目標是, 把 1D sequence 變成 3D structure。 這個目標太偉大的, 目前的研究結果告訴我們應該做不太出來, 所以大家的目標簡化成:
1) 把大概的可能形狀猜出來就好了
2) 忘記了, 難道是很精細地算出? ^^;;
我現在的想法是, 因為大致的形狀可以用 TEM 或 SEM 看到 2D 的 sample, 再加上有其他 Corona Virus 的樣子與 3D structure, 用這個開始做。 --Jeng-sheng Yeh(copyright 2003) ^^;;

不過如果硬是想要解這個大問題太難了, 其實找個小問題就可以 PhD 拿到手, 真是個兩難 ^^;; 而且其實等個幾個月, 應該 3D structure 還是有法子等到的, 何必太執著呢?

Saturday, 5,10,2003

檢測SARS病毒的方法, 其中 PCR method (輔助聚合(酉每)連鎖反應, 分子檢測方法, 體外基因復制技術) 需要去查查他的方法
以下也看不懂: ???
PCR, RT-PCR instrument, Protein PCR Fragments
典型的生化反應晶片是核酸擴增反應晶片(PCR Chip)
因此,通常需數小時的PCR反應可在晶片上10分鐘完成。

Friday, 5,9,2003

國高中心所整理, SARS 的科學研究
SARS病毒的相關序列
同時, 今天找到一個很好的 PDB Viewer: Swiss PDB Viewer (DeepView)
配合 ppovit 和 POV-Ray 可以畫出很好的蛋白質的圖

Thursday, 5,8,2003

國高中心 生物知識庫&生物資訊系統(bioinfo.nchc.gov.tw)
SARS coronavirus BJ01, complete genome
SARS coronavirus TOR2, complete genome
SARS coronavirus CUHK-W1, complete genome
SARS coronavirus Urbani, complete genome
SARS coronavirus HKU-39849, complete genome
都在 http://bioinfo.nchc.gov.tw/ SARS 基因序列下載

昨天聽到台大醫院有發新聞稿公布他們的 SARS TW1 的基因定序資料。 不過今天找了很久還是找不到, 可能要打電話去問問。

台大醫院 SARS 網站:

台大嚴重急性呼吸道症候群網站

最後修訂: 5月5日       台大內科部   彙整

前言:
台大醫院從92年3月份發現第一例SARS可能病例起,立即成立SARS防治小組針對SARS處理提供國內外醫療的參考。並及時制訂SARS的診斷,感控,及治療計畫。台大醫院並於3月28日與感染症及胸腔重症醫學會聯合於台大醫學院舉辦SARS研討會。自和平醫院與仁濟醫院發生院內感染後,轉移至本院就診或住院的病患,不論是疑似SARS或非SARS但有其他疾病的病患,本院承接至為繁重的醫療照護壓力。本院一直秉持醫護天職,善盡社會責任,不遺餘力提供醫療專業照護治療,並對其他醫療院所提供醫護專業支援與專業諮詢。經由台大醫學院與醫院研究團隊的密切合作,在SARS研究方面,亦有相當的進展。 台大SARS研究團隊成功的在2位患者呼吸道檢體培養出病毒,並經核酸序列對比和電子顯微鏡證實,也建立高敏感度之RT-PCR檢測方法,可在病人呼吸道分泌物及血清中證明有SARS病毒基因存在,並完成SARS病毒全部基因體之定序。在病患血清及肺臟檢體檢查,也證實SARS是一種病毒感染引起宿主之細胞激素風暴(cytokine storm),並首度發現SARS可以發生血球吞噬現象(hemophagocytosis),該項結果佐證了本院使用靜注免疫球蛋白(IVIG)及類固醇之妥適性。此外本團隊已研發成功免疫螢光檢測方法,可用以檢查病患是否出現抗SARS病毒抗體,此方法與RT-PCR互補,可提高SARS疾病之診斷率,並可應用於SARS流行病學監測 。 本網站的宗旨為提供台大醫院治療SARS病人及SARS感染控制的經驗。
本網站內容力求正確,但網站醫療相關內容僅供參考,對病患的治療仍須根據個別狀況判斷處理。

網頁負責單位: 內科部 網頁負責人 :吳建陞 聯絡電話 :2116 更新日期 :2003/05/07

http://http://ntuh.mc.ntu.edu.tw/prr/sarsnews/台大SARS研究團隊成果報告新聞稿-1.htm
經由台大醫學院與醫院研究團隊的密切合作,在SARS研究方面,亦有相當的進展。台大SARS研究團隊成功的在2位患者呼吸道檢體培養出病毒,並經核甘(苷)酸序列比對和 電子顯微鏡證實,本團隊也建立高敏感度之RT-PCR檢測方法,可在病人呼吸道分泌物及血清中證明有SARS病毒基因存在,5月4日我們也成功的完成SARS病毒全部基因體29714個核甘(苷)酸之定序,與目前已發表的資料比對發現共有3-12個鹼基有所變異。 在病患血清及肺臟檢體檢查,本團隊也證實SARS是一種病毒感染引起宿主之細胞激素風暴(cytokine storm),並首度發現SARS可以發生血球吞噬現象(hemophagocytosis),該項結果佐證了 本院使用靜注免疫球蛋白(IVIG)及類固醇之妥適性。利用病患復原之血清及我們所培養之病毒,本團隊已研發成功免疫螢光檢測方法,可用以檢查病患是否出現抗SARS病毒抗體,此方法與RT-PCR互補,可提高SARS疾病之診斷率,並可應用於SARS流行病學監測。
台大醫學院及醫院SARS研究團隊

Wednesday, 5,7,2003

今天 group meeting 時, 老師點了兩個方向, 希望組上研究能對 SARS 有些幫助。 同時, 我也順手簡介了一下 genome 1D sequence pdb 3D structure

由 genome sequence 可推測出蛋白質的一級結構(primary structure), 即 amino acid sequence (氨基酸序列). 而由一級結構要預測其三維空間結構, 就是個很難的問題。 另外, 用 X光繞射法(X-Ray Diffraction)實驗量測得到真實的三結空間結構, 則是比較花時間和運氣的工作。

Tuesday, 5,6,2003

今天試著寫了一份 PDB Howto快速入門介紹, 希望對大家有幫助。 當然如果真的是對 PDB format 有興趣, 應該去唸一下 cntnt_21.txt: PDB Cont3nts Guide, Ver 2.1 (draft)
另外, 我找了幾個 HIV 與 Coronavirus 的 PDB files 準備好好地研究一番。

Monday, 5,5,2003

因為當計算機網路課的關係, 只好來學校一下子, 不過也沒呆很久就回家了。 主要是順手把一些 software download 帶回家, 因為前幾天在家自我隔離時, 一直用 modem 來 download 所要的資料, 電話費應該是暴增, 連線速度又慢 ^^;;

Sunday, 5,4,2003

在家裡唸關於 X-Ray Diffusion (X光繞射法) 相關的書的時候, 發現我誤借了這兩本 書: 一本是大陸湖南某同步射線實驗室的教授們寫的書, 另一本則是翻自美國的 關於電子顯微鏡與製作受測實驗樣本的書, 雖然增加了我的見識, 不過應該過幾 天到學校就可以拿去還了, 因為對我現在想做的東西比較沒有幫助。

Saturday, 5,3,2003

今天還是呆在家裡自我隔離, 主要是唸 T.A. Brown 寫的 Genetic: a molecular approach, 收穫非常多, 因為這本書, 使我進入 Bioinformatics 的領域。

今天看到 Aan Kann 關於 SARS 病毒與 Coronavirus 的介紹:
Coronaviruses, Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) [cache]
他文章中簡單的介紹, 使我對於 Coronavirus 又有更進一步的了解。

Friday, 5,2,2003

昨天借了微生物學回家唸, 今天則是在家裡用功地 K 病毒學, 內容沒有想像中那麼好讀, 不過真的得到不少知識。(ex. shotgun, fasta, etc)
同時今天看到 Canada 的 GSC 好像幾天前重新公布 SARS genome 解碼資料:
http://www.bcgsc.ca/bioinfo/SARS/
同時在中國也有看到一些資料:
http://www.genomics.org.cn:8080/bgi/news/zhongxin/news030416-2_fasta.htm
配合四月中從 GSC 先拿回來的 genome 資料, 可以動手做點事了(TOR2)

Thursday, 5,1,2003

From one unknown news paper in P.R.China 今天到圖書館借了六本書回家讀讀以利進一步研究
同時今天看到一張中國研究人員畫的 SARS coronavirus 圖, 應該是 CG 畫出來的吧~
From www.rkm.com.au 相對的, RKM.COM.AU 的圖 好像比較像是真的, 雖然都是畫出來的 ^^;;

Wednesday, 4,30,2003

因為 SARS 越來越嚴重貌, 所以決定把我這幾天的筆記放出來。 同時, 台大醫學系一些大四生也做了一個 SARS Info 網站:
http://sars.webmd.idv.tw 不過可能因為網站架設技術關係, 有時候會找不到這台機器, 所以 他們有幾個 mirror 站:(pchome 那個很快就會爛掉了, 不列)
http://homepage.ntu.edu.tw/~b88401105/這個是計中 web server
http://newworld.dorm13.nctu.edu.tw/SARS/home.htm應是交大的 mirror

Monday, 4,28,2003

今天看到 WHO 所公布的 new coronavirus images from SARS [cache]
[cache] [cache]

Sunday, 4,27,2003

今天找到 Australia 一家公司公布的 SARS coronavirus 的圖:
http://www.rkm.com.au/VIRUS/CORONAVIRUS/coronavirus-virion.html

Friday, 4,25,2003

我在網路上 download 第一份關於 SARS 的簡介文章, 開始我的 SARS Study。
(SARS.ppt, SARS1.doc, SARS2.doc from CDC TAIWAN written in 3,25,2003)

Short History

  1. 2,26,2003: A US business man in Honoi, Vietnam.
  2. 3,16,2003: WHO refined the definition of SARS case
  3. ...
  4. 4,26,2003: A SARS discussion board is open in PTT BBS. Two people passed away today in Taiwan.